L'arrondissement de Manhattan a une superficie totale de 87,5 km2, dont 59,5 km2 de terres émergées et 28 km2 d’eau. L'île de Manhattan est entourée par l'Hudson à l'ouest et l'East River à l'est. Elle couvre une superficie de 58,8 km2, mesure 21,6 km de long et atteint 3,7 km de largeur au niveau de la 14e Rue16. Au nord, la Harlem River la sépare du Bronx et du continent. L'arrondissement comprend également d'autres îles, dont Randall's Island, Ward's Island et Roosevelt Island dans l'East River, ainsi que Governors Island et Liberty Island au sud dans la baie de New York. Il s'étend aussi sur une petite partie du continent, enclavée dans le Bronx : il s'agit du quartier de Marble Hill, qui faisait autrefois partie de l'île de Manhattan, mais qui fut séparé de celle-ci lors de la construction en 1895 du canal de Spuyten Duyvil Creek qui reliait l'Hudson à la Harlem River ; puis rejoignit le continent lorsque le canal fut rebouché avant la Première Guerre mondiale. En comparaison avec Paris intra-muros (sans les bois), l'île de Manhattan est plus petite en superficie.

L'institut de New York est une habitation pour les Shadowhunters en positions et un refuge pour certaines créatures obscures et invités. C'est un grand bâtiment, caché aux yeux des terrestre, sous une cathédrale gothique qui semble complètement délabré. Pourtant, à l'intérieur, l'Institut est à la pointe de la technologie et d'un modernisme certain. De magnifiques vitraux entourent la bâtisse, représentant différents anges et la rune angélique pour la plupart, bien que certains soient des vestiges de l'ancienne église.

L'arrondissement de Brooklyn occupe l'extrémité ouest de Long Island et est voisin de celui du Queens. Sa côte nord est le pont de Williamsburg et le pont de Manhattan. La côte médiane de l'arrondissement touche la Upper New York Bay. Le Buttermilk Channel sépare l'arrondissement de Governors Island. Au sud-ouest se trouvent la Gowanus Bay et le Gowanus Canal. À son extrémité ouest, Brooklyn est séparée de Staten Island par the Narrows, où se rejoignent Upper et Lower New York Bay. Le pont Verrazano-Narrows, inauguré en 1964, permet de lier les deux arrondissements. Il a été de 1964 à 1981 le plus long pont suspendu du monde. Au sud-est se trouvent Coney Island, Brighton Beach, Manhattan Beach et la Jamaica Bay. La superficie de Brooklyn est de 251 km2, dont 183 km2 de terres émergées. Son point le plus élevé se situe aux alentours de Prospect Park et de Green-Wood Cemetery, à environ 61 mètres au-dessus du niveau de la mer. Le quartier de Brooklyn Heights, dans le centre-ville, est construit sur une hauteur

L'arrondissement de Queens occupe une partie de l'île de Long Island, ainsi que son voisin Brooklyn. Il comprend également d'autres petites îles, la plupart étant situées dans Jamaica Bay. La surface totale du comté est de 461 km², dont 282,9 km² de terres émergées et 178,8 km² d'eau. Il est en superficie le plus étendu des boroughs de New York. Queens est relié à Manhattan par le pont de Queensboro. Le seul accès routier à Roosevelt Island est à partir de Queens, par un pont plus petit au bout de la 36e avenue.

Le Bronx est le quartier le plus au nord de la ville de New York, et le seul à être situé sur le continent, étant donné que Manhattan et Staten Island sont des îles à part entière et que Brooklyn et Queens occupent une partie de Long Island.